गोवा में तीन मुख्य नगर हैं — पहला प्राचीन हिन्दू नगर; दूसरा पुराना गोवा जिसे 1479 में आदिलशाही शासकों के अधीन मुस्लिमों ने बसाया था। गोवा को 1510 में पुर्तगालियों ने विजय करके कब्ज़ा कर लिया और इसे पूरब में पुर्तगालियों के सभी कब्ज़े हुए क्षेत्रों की राजधानी बनाया। तीसरा नगर पणजी है, जिसे 1840 में पुर्तगालियों ने मंडोवी नदी के दक्षिणी तट पर बनाया। उन्होंने प्रशासन को नए नगर में स्थानांतरित किया और 1843 में इसे एशिया में पुर्तगाली शासन की राजधानी घोषित किया। यह स्थिति गोवा के 19 दिसंबर 1961 को मुक्त होने तक बनी रही।

अग्वाडा लाइटहाउस अग्वाडा किले के पश्चिम की पहाड़ी पर स्थित है, जो पणजी से सड़क मार्ग द्वारा लगभग 16 किलोमीटर दूर है। निकटतम रेलवे स्टेशन कोंकण रेलवे पर कनाकोना है। 1841 में अग्वाडा किले (मोर्रोडा अग्वाडा) के अंदर एक मस्तूल पर तेल का दीपक जलाया गया था, जिसे पुर्तगालियों ने 1624 में बनाया था। 1864 में 16 मीटर ऊंचा गोलाकार ईंट का लाइटहाउस टावर बनाया गया और उस पर छठी श्रेणी की ऑप्टिक वाला विक लैम्प लगाया गया। 1906 में तेल के दीपक की जगह चौथी श्रेणी की ऑप्टिक वाला पीवी उपकरण लगा दिया गया, जो पुर्तगाली मूल का था।

वर्तमान लाइटहाउस 1972-76 के दौरान बनाया गया और विद्युत् संचालित उपकरण, जो M/s J.Stone (India) द्वारा प्रदान किया गया था, 20 जुलाई 1976 को सेवा में लगाया गया। बाद में 20 मई 1983 को रेडियो बीकन (Nautel, कनाडा) जोड़ा गया, जिसने वेंगुर्ला रॉक का रेडियो बीकन समाप्त कर दिया। 20 मई 1996 को 'टाइड लैंड' कंपनी का रैकोन लगाया गया। प्रकाश स्रोत को 8 जून 1997 को मेटल हैलाइड लैंप से बदल दिया गया। पुराने 'नॉटेल' ट्रांसमीटर को 15 दिसंबर 2002 को M/s Elcom Marine, मुंबई द्वारा उपलब्ध कराए गए SAC (यूएसए) ट्रांसमीटर से बदला गया। मौजूदा DGPS प्रणाली का पुनरुद्धार वर्ष 2017 में पूरा हुआ।